Genómica

 

Genómica

Actualización 22/Mayo/2015

 

Unidad de Genómica 

Unidad para la generación de nuevo conocimiento, productos y servicios en el área de la biología molecular, genómica y proteómica utilizando novedosas tecnologías, en un ambiente ético y de alta calidad para el área de la salud e industrias agro-alimentarias y farmacéuticas y busca ser líder en desarrollos basados en estudios de ácidos nucleicos y proteínas.

Esta unidad cuenta con las instalaciones adecuadas para diagnóstico molecular de Influenza y Dengue (capacidad para realizar mas de 300 muestras por día) así como para el entrenamiento a otros centros y/o investigadores en la aplicación de herramientas genómicas con equipos como Secuenciador 454 FLX TITANIUM, AFFIMETRIX, TaqMan, Open Array, qPCR, Ion Torrentque se utiliza para secuenciación genómica masiva, entre otros.

Equipo de trabajo

  • Dra. Rocío Ortíz López, responsable de la Unidad
  • QCB Patricia Villarreal Quiroga
  • LBG  Ramiro Elizondo González
  • QBP Laura Rivera Narváez
  • TSU Carlos Alberto Hernández Puente
  • Juanita González Domínguez

Estudiantes de Posgrado

  • MC Adriana Sánchez García
  • MC Sandra Karina Santuario Facio
  • MC Arturo Quintanilla Guzmán
  • QFB Geovana Calvo Anguiano
  • QCB Lizeth Martínez Jacobo

Servicios que ofrece la UG:

Estudio, Diseño y Desarrollo de Métodos asociados a:

  • Aislamiento de ácidos nucleídos
  • Genotipo SNPs
  • Análisis genómico
    • Gene, Exon y miRNA
    • Genotipado
    • Análisis de metilación  del genoma
  • Expresión de genes, genotipificación, Análisis BioBankingand.
  • Análisis de genomas completos
  • Farmacogenómica y análisis de toxicidad
  • Análisis Bioinformáticos
  • Análisis proteómicos
    • Separación, cuantificación e identificación de las proteínas
    • Búsqueda de proteínas dirigidas a compartimentos subcelulares, orgánulos, o ciertos tipos de proteínas.
    • Preparación de la muestra
    • Fraccionamiento de disolventes orgánicos por separado mezcla compleja de proteínas, la membrana hidrofóbica, etc
    • Electroforesis bidimensional
    • El análisis de modificaciones postraduccionales (glicosilación, fosforilación, metilación, etc)
    • Creación de imágenes y análisis
  • Programas de investigación y buenas prácticas de laboratorio para ensayos clínicos.

Servicios especializados:

  • Genotipificación de SNP y análisis de la CNV
  • Mouse Diversity Genotyping Array
  • SNP Genotyping Array Plates
  • Cytogenetics Research Solution
  • Genotipado dirigido
  • Re secuenciación
  • Expresión de transcripto total
  • Mapeo del Transcripto
  • Exon & Gene Level Arrays
  • Análisis 3′
  • Expresión de microRNA
  • Análisis de Regulación Génica
  • Tiling Arrays
  • ChIP-on-chip
  • ADN Antiguo
  • ChIP-seq/ Methylation/ Epigenetics
  • Genoma Eucariotico Completo
  • Etiquetas de expresión
  • La secuenciación del VIH
  • Metagenómica y diversidad microbiana (la secuenciación completa del genoma microbiano)
  • Las mitocondrias o plástidos o virus o plásmidos
  • Genoma Procariota Completo
  • Sequence Capture Targeted Region
  • ARN pequeño
  • Descubrimiento de ARNmi
  • Detección de variación somática
  • Secuenciación del transcriptoma y selección de la biblioteca de ADNc
  • Descubrimiento mutaciones
  • Notas de aplicación
  • Punto Picking
  • Bioinformática en el área de la proteómica para identificar, cuantificar y caracterizar las proteínas.
  • Asesoría para la recolección de muestras clínicas y el manejo para preservar las proteínas
  • Tecnologías emergentes, incluidas protein arrays, dispositivos micro analíticos.
  • Biosensores basados en proteínas para los bioensayos clínicos.
  • Ensayos de química clínica.
  • Herramientas Bioinformáticas, incluyendo el reconocimiento de patrones y algoritmos de aprendizaje.

Proyectos actuales:

  1. “Caracterización molecular del microambiente de la piel en pacientes con vitíligo para la búsqueda de biomarcadores indicadores de respuesta a tratamiento”. En colaboración con el Dr. Jorge Ocampo Candiani del Servicio de Dermatología, Hospital Universitario, UANL.
  1. “Identificación y selección de microRNAs en suero que permiten el diagnóstico y clasificación del Cáncer de Cérvix”. En colaboración con Dra. Rebeca Thelma Martínez del Centro Universitario de Salud, UANL.
  1. “Perfiles de expresión y metilación en pacientes con Cáncer de Mama triple negativo y su asociación con la respuesta favorable / desfavorable al tratamiento con quimioterapia”. En colaboración con el Dr. Gerardo Muñoz Maldonado y Dr. Servando Cardona Huerta del Servicio de Cirugía del Hospital Universitario, UANL.
  1. “Perfil de metilación en DNA tumoral y circulante como biomarcador de diagnóstico temprano y pronóstico en pacientes con Cáncer Colorrectal”. En colaboración con la Dra.Raquel Garza Guajardo del Servicio de Anatomía Patológica del Hospital Universitario, UANL.
  1. “Farmacogenómica en bioequivalencia de medicamentos”. En colaboración con el Dr. Adrián Llerena de la Universidad de Extremadura. Badajos, España.
  1. “Secuenciación de dos cepas bacterianas virulenta y no virulenta y su asociación con una patología”. En colaboración con el Dr. Lucio Vera Cabrera del Servicio de Dermatología del Hospital Universitario, UANL.
  1. “Estudio de metabolómica y comparación del genoma de cepas de Saccharomyces cerevisiae mediante secuenciación masiva de alto rendimiento”. En colaboración con el Dr. Luis Damas Buenrostro de Cervecería Cuauhtémoc-Moctezuma y Cervecería Heineken.
  1. “Evaluación Molecular y Metabólica de la Respuesta al Tratamiento (AC) en mujeres con Cáncer de Mama”.
  1. “Análisis de la regulación de la expresión del gen de orexina en ratones knock-out para el factor de transcripción ebf2”. En colaboración con el Dr. Román Vidal Tamayo de la Universidad de Monterrey(UDEM).
  1. “Análisis del perfil de expresión global, microRNAs y metilación del genoma en pacientes masculinos con alopecia androgenética”. En colaboración con el Dr. Augusto Rojas Martínez del Depto. De Bioquímica de la Facultad de Medicina,UANL, del Dr. Jorge Ocampo Candiani y la Dra. Claudia Ancer Arellano del Servicio de Dermatología, Hospital Universitario, UANL.
  1. “Evaluación del efecto de estrés (hipoxia y pH) en un modelo in vitro de Cáncer de Colon para identificar genes que permiten a la célula su adaptación y proliferación”
  1. “Termogénesis; una alternativa terapéutica contra la obesidad”. En colaboración con Laboratorios NAN.

Últimas publicaciones de la UG (2013-2015):

  1. Perez-Paramo, Y.X., Hernandez-Cabrera, F., Dorado, P., Llerena, A., Muñoz-Jimenez, S., Ortiz-Lopez, R. y Rojas-Martinez A. (2015). Interethnic relationships of CYP2D6 variants in native and Mestizo populations sharing the same ecosystem. Pharmacogenomics. 1-10. [Epub ahead of print]
  2. Garza-Veloz, I., Martinez-Fierro, M.L., Jaime-Perez, J.C., Carrillo-Sanchez, K., Ramos-Del Hoyo, M.G., Lugo-Trampe, A., Rojas-Martinez, A., Gutierrez-Aguirre, C.H., Gonzalez-Llano, O., Salazar-Riojas, R., Hidalgo-Miranda, A., Gomez-Almaguer, D. y Ortiz-Lopez, R. (2015). Identification of differentially expressed genes associated with prognosis of B acute lymphoblastic leukemia. Disease Markers, Article ID 828145.
  3. Martínez-Jacobo, L., Ortiz-López, R., Rizo-Méndez, A., García-Molina V, Santuario-Facio, S.K., Rivas, F., Rojas-Martínez, A. (2015). Clinical and molecular delineation of duplication 9p24.3q21.11 in a patient with psychotic behavior. Gene, 560 (1):124-127.
  4. Vázquez-Martínez, O.T., González-Betancourt, A.S., Barboza-Cerda, M.C., González-González, S.E., Lugo-Trampe, A., Welsh, O., Rojas-Martínez, A., Martínez-Rodríguez, H.G., Ocampo-Candiani, J., Ortiz-López, R. (2015). Human papillomavirus type 2 associated with pyogenic granuloma in patients without clinical evidence of warts. International Journal of Dermatology.
  5. Córdova-Fletes, C., Sáinz-González, E., Avendaño-Gálvez, R.I., Ramírez-Velazco, A., Rivera, H., Ortiz-López, R., Arámbula-Meraz, E., Picos-Cárdenas, V.J. (2014). De novo dir dup/del of 18q characterized by SNP arrays and FISH in a girl child with mixed phenotypes. J Genet. 93 (3):869-873.
  6. García-Meléndez, M.E., Salinas-Santander, M., Sanchez-Domínguez, C., Gonzalez-Cárdenas, H., Cerda-Flores, R.M., Ocampo-Candiani, J., Ortiz-López, R. (2014). Protein tyrosine phosphatase PTPN22 + 1858C/T polymorphism is associated with active vitiligo. Exp Ther Med. 8 (5):1433-1437.
  7. Sánchez–Domínguez, C.N., Reyes-López, M.A., Bustamante, A., Treviño, V., Martínez-Rodríguez, H.G., Rojas-Martínez, A., Barrera-Saldaña, H.A., Ortiz-López, R. (2014). Low-income status in an important risk factor in North East Mexican Patients with Cystic fibrosis. Rev Invest Clin. 66 (2): 129-135.
  8. Vera-Cabrera, L., Ortiz-Lopez, R., Elizondo-González, R., Campos-Rivera, M.P., Gallardo-Rocha, A., Molina-Torres, C.A., Ocampo-Candiani, J. (2014). Draft Genome Sequence of Actinomadura madurae LIID-AJ290, Isolated from a Human Mycetoma Case. Genome Announc. 2 (2).
  9. Sánchez-Domínguez, C.N., Reyes-López, M.A., Bustamante, A., Cerda-Flores, R.M., Villalobos-Torres, M.dC., et al. (2014). The Tumor Necrosis Factor α (-308 A/G) Polymorphism Is Associated with Cystic Fibrosis in Mexican Patients. PLoS ONE, 9 (3), e90945.
  10. Ludwig, K.; Böhmer, A.; Rubini, M.; Mossey, P.A., Herms, S., Nowak, S., Reutter, H., Alblas, M., Lippke, B., Barth, S., Paredes-Zenteno, M., Munoz-Jimenez, S., Ortiz-Lopez, R., Kreusch, T., Hemprich, A., Martini, M., Braumann, B., Jäger, A., Pötzsch, B., Molloy, A., Peterlin, B., Hoffmann, P., Nöthen, M., Rojas-Martinez, A., Knapp, M., Steegers-Theunissen, R., Mangold, E. (2014). Strong support for association of variants around FOXE1 and orofacial clefting. Journal of Dental Research, 93 (4):376-381.
  11. Salinas-Santander, M., Sánchez-Domínguez, C., Cantú-Salinas, C., Ocampo-Garza, J., Cerda-Flores, R., Ortiz-López, R. y Ocampo-Candiani, J. (2014). Vitiligo: Factores asociados a su desarrollo en pacientes del Noreste de México. Dermatología Revista Mexicana, 58 (3), 232-238.
  12. Ludwig, K.U., Wahle, P., Reutter, H., Paredes-Zenteno, M., Muñoz-Jimenez, S.G., Ortiz-Lopez, R., Böhmer, A.C., Tessmann, P., Nowak, S., Nöthen, M.M., Knapp, M., Rojas-Martinez A, Mangold E. (2014). Evaluating eight newly identified susceptibility loci for nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate in a Mesoamerican population. Birth Defects Research Part A: Clinical and Molecular Teratology, 100 (1):43-47.
  13. Martinez-Fierro, M.L., Garza-Veloz, I., Rojas-Martinez, A., Ortiz-Lopez, R., Castruita-de la Rosa, C., Ortiz-Castro, Y., Lazalde-Ramos, B.P., Cervantes-Villagrana, A.R., Castañeda-Lopez, M.E., Gomez-Guerra, L., Delgado-Enciso, I., Martinez-Torres, A.A. (2013). Positive association between vascular endothelial growth factor (VEGF) -2578 C/A variant and prostate cancer. Cancer Biomark, 13 (4):235-241.
  14. Martínez-Jacobo, L., Córdova-Fletes, C., Ortiz-López, R., Rivas, F., Saucedo-Carrasco, C., Rojas-Martínez, A. (2013). Delineation of a de novo 7q21.3q31.1 Deletion by CGH-SNP Arrays in a Girl with Multiple Congenital Anomalies Including Severe Glaucoma. Mol Syndromol, 4 (6):285-291
  15. Rojas-Martínez, A., Manzanera, A.G., Sukin, S.W., Esteban-María, J., González-Guerrero, J.F., Gomez-Guerra, L., Garza-Guajardo, R., Flores-Gutiérrez, J.P., Elizondo-Riojas, G., Delgado-Enciso, I., Ortiz-López, R., Aguilar, L.K., Butler, E.B., Barrera-Saldaña, H.A., Aguilar-Cordova, E. (2013). Intraprostatic distribution and long-term follow-up after AdV-tk immunotherapy as neoadjuvant to surgery in patients with prostate cancer. Cancer Gene Ther. 20 (11):642-649.
  16. Sánchez-García, A., Ríos-Ibarra, C.P., Rincón-Sánchez, A.R., Ortiz-López, R., Garza-Juárez, A., Morlett-Chávez, J., Martínez-Rodríguez, H., Rivas-Estilla, A.M. (2013). Use of proteomic analysis tools to identify HCV-proteins down-regulated by acetylsalicylic acid. Ann Hepatol., 12 (5):725-732.
  17. Garza-Veloz, I., Romero-Díaz, V.J., Martínez-Fierro, M.L., Marino-Martínez, I.A., González-Rodríguez, M., Martínez-Rodríguez, H.G., Espinoza-Juárez, M.A., Bernal-Garza, D., Ortiz-López, R. and Rojas-Martínez, A. (2013). Analyses of Chondrogenic Induction of Adipose Mesenchymal Stem Cells by Combined Co-stimulation Mediated by Adenoviral Gene Transfer. Arthritis Research & Therapy, 15 (4), R80.
  18. Vera-Cabrera, L., Ortiz-López, R., Elizondo-González, R., and Ocampo-Candiani, J. (2013). Complete genome sequence analysis of Nocardia Brasiliensis HUJEG-1 reveals a saprobic lifestyle and the genes needed for human pathogenesis. PLoS One, 8 (6), e65425.
  19. Cerda-Flores, R.M., Rivera-Prieto, R.A., Pereyra-Alférez, B., Calderón-Garcidueñas, A.L., Barrera-Saldaña, H.A., Gallardo-Blanco, H.L., Ortiz-López, R., Flores-Peña, Y., Cárdenas-Villarreal, V.M., Rivas, F., Figueroa, A. and Kshatriya G. (2013). Genetic structure of Mexican Mestizos with type 2 diabetes mellitus based on three STR loci. Gene, 525 (1), 41-46.
  20. Neira, V.A., Romero-Espinoza, P., Rojas-Martínez, A., Ortiz-López, R., Córdova-Fletes, C., Plaja, A. y Barros-Núñez, P. (2013). De novo MECP2 disomy in a Mexican male carrying a supernumerary marker chromosome and no typical Lubs syndrome features. Gene, 524 (2), 381-385.
  21. Canseco-Ávila, L.M., Jerjes-Sánchez, C., Ortiz-López, R. y Rojas-Martínez, A. (2013). Determination of molecular genetic markers in acute coronary syndromes and their relationship to cardiovascular adverse events. Archivos de Cardiología de México, 83 (1), 8-17.
  22. Gutiérrez-Aguirre, C.H., García-Rodríguez, F., Ortiz-Galvez, V.M., Cantú-Rodríguez, O.G., Salazar-Riojas, R., Martínez-González, O.L., González-Llano, O., Jaime-Pérez, J.C., Ortiz-López, R., Flores-Jiménez, J.A., Alatorre-Ricardo, J., Mancias-Guerra, C. and Gómez-Almaguer, D. (2013). Lower than expected cytogenetic and molecular response to imatinib in Mexican patients with chronic myelogenous leukemia. Hematology, 18 (4), 224-229.