Características de la Unidad

La Unidad de Genómica (UG) es una Unidad diseñada para la generación de nuevo conocimiento, productos y servicios en el área de la biología molecular, genómica, proteómica y biología celular, utilizando novedosas tecnologías, en un ambiente amigable, ético y de alta calidad para el área de la salud e industrias agro-alimentarias y farmacéuticas y busca ser líder en desarrollos basados en estudios de ácidos nucleicos y proteínas.

 

Cuenta con plataformas para Secuenciación de Nueva Generación (NGS), microarreglos de ácidos nucleicos, proteómica, PCR en tiempo real y cultivo celular. Además, cuenta con las instalaciones adecuadas para realizar diagnóstico molecular en el área de la salud, agronomía, veterinaria y biotecnología en general. Puede apoyar y dar entrenamiento a otros centros y/o investigadores en la aplicación de herramientas genómicas.

Responsable de la Unidad

Dra. Rocío Ortíz López

Correo Electrónico: rortizlopez@gmail.com

Teléfono: +52(81) 1340 4370 a la extensión 1750 o 1724

La amplia colección de pruebas y plataformas de genética y proteómica que ofrece la Unidad de Genómica brinda a pacientes y médicos las soluciones para un diagnóstico de certeza, y a investigadores opciones para desarrollar sus proyectos con calidad en diseño experimental y análisis de datos.

 

 

  • Microarreglos
    • Genotipificación (SNP’s, CNV’s)
    • Expresión génica
    • MicroRNA’s
    • Metabolismo de drogas (DMET)

 

  • Secuenciación de nueva generación
    • Secuenciación de genomas pequeños
    • Transcriptoma
    • Metagenómica
    • Farmacogenómica
    • Paneles de genes asociados a cáncer
    • Paneles de genes personalizados

 

  • PCR punto final y tiempo real (qPCR)
    • Cuantificación absoluta
    • Cuantificación relativa
    • Discriminación alélica
    • Análisis de CNV’s

 

  • Diagnóstico Molecular
    • Detección de patógenos
    • Detección de mutaciones y variantes genéticas (SNP’s)

 

  • Cultivo celular
    • Mantenimiento y expansión de diversas líneas celulares
    • Ensayos de apoptosis, diferenciación, invasión, migración y adipogénesis
    • Ensayos de cultivo en 3D
    • Ensayos de nuevas moléculas en modelos in vitro (líneas celulares) e in vivo (modelo murino)
    • Ensayos de viabilidad y toxicidad en modelo de hipoxia y acidez

 

  • Proteómica
    • Extracción y cuantificación de proteínas
    • Electroforesis bidimensional
    • Western Blot
    • Identificación de proteínas por Espectrometría de masas
    • SDS-PAGE

  • Extracción de ácidos nucleicos
    • Extracción de DNA y RNA a partir de tejido embebido en parafina, sangre, carrillo bucal y biopsias conservadas.
    • Cuantificación de ácidos nucleicos por espectrofotometría, PicoGreen y RiboGreen (Fluorometría).
    • Análisis de la integridad de material genético por electroforesis capilar y en gel de agarosa.
  • Otros
    • Digestión enzimática para caracterización de plásmidos y RFLPs.
    • Purificación de Productos de PCR
  • Microarreglos
    • Plataforma Affymetrix
    • Plataforma NimbleGen
  • Secuenciación
    • MiSeq illumina
  • PCR
    • GeneAmp 9700
    • Veriti 9902
    • Tetrad 2
    • MasterCycler
    • GeneAmp 2400
  • PCR tiempo real
    • Light Cycler 480 II
  • Proteómica
    • GelDoc XR
    • ChemiDoc XRS
    • Exquest /spot cutter
  • Cultivo Celular
    • Incubadora CO2
    • Cabina de Bioseguridad Clase II A2
    • Microscopio
    • Microscopio invertido
    • Microscopio de fluorescencia
    • Luminómetro de placas
    • Cámara de hipoxia
    • Tanque criogénico
  • Otros
    • Bioanalizador 2100
    • NanoDrop 8000
    • Espectrofotómetro Smart Plus

Termo-shaker orbital

  1. Uscanga‑Perales, G., Santuario‑Facio, S., Sanchez‑Dominguez, C., Cardona‑Huerta, S., Muñoz‑Maldonado, G., Ruiz‑Flores, P., Ortiz‑Lopez, R. (2019). Genetic alterations of triple negative breast cancer (TNBC) in women from Northeastern Mexico. Oncology Letters, 17(3), 3581–3588. https://doi.org/10.3892/ol.2019.9984
  2. Villarreal‐Villarreal, C. D., Sinclair, R. D., Martínez‐Jacobo, L., Garza‐Rodríguez, V., Rodríguez‐León, S. A., Lamadrid‐Zertuche, A. C., Ocampo‐Candiani, J. (2019). Prostaglandins in androgenetic alopecia in 12 men and four female. Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology, 33(5), e214–e215. https://doi.org/10.1111/jdv.15479
  3. Delgado-Suárez, E. J., Selem-Mojica, N., Ortiz-López, R., Gebreyes, W. A., Allard, M. W., Barona-Gómez, F., & Rubio-Lozano, M. S. (2018). Whole genome sequencing reveals widespread distribution of typhoidal toxin genes and VirB/D4 plasmids in bovine-associated nontyphoidal Salmonella. Scientific Reports, 8(1), 9864. http://doi.org/10.1038/s41598-018-28169-4
  1. Calvo-Anguiano, G., Lugo-Trampe, J. J., Camacho, A., Said-Fernández, S., Mercado-Hernández, R., Zomosa-Signoret, V., Ortiz-López, R. (2018). Comparison of specific expression profile in two in vitro hypoxia models. Experimental and Therapeutic Medicine, 15(6), 4777–4784. http://doi.org/10.3892/etm.2018.6048
  2. Camacho, A., Segoviano-Ramírez, J. C., Sánchez-Garcia, A., de Jesus Herrera-de la Rosa, J., García-Juarez, J., Hernandez-Puente, C. A., Ortiz-Lopez, R. (2018). Tyrphostin AG17 inhibits adipocyte differentiation in vivo and in vitro. Lipids in Health and Disease, 17(1), 128. http://doi.org/10.1186/s12944-018-0784-7
  3. Martinez-Jacobo, L.,Ancer-Arellano, C. I., Ortiz-Lopez, R., Salinas-Santander, M., Villarreal-Villarreal, C. D., Ancer-Rodriguez, Camacho-Zamora,  B., Zomosa-Signoret V., Medina-De la Garza C.E., Ocampo-Candiani J,  Rojas-Martinez, A. (2018). Evaluation of the Expression of Genes Associated with Inflammation and Apoptosis in Androgenetic Alopecia by Targeted RNA-Seq. Skin Appendage Disorders, 4(4), 268–273. http://doi.org/10.1159/000484530
  4. Manuel Vazquez-Guillen, J., Palacios-Saucedo, G. C., Guadalupe Rivera-Morales, L., Valeria Alonzo-Morado, M., Berenice Burciaga-Bernal, S., Montufar-Martinez, M., Rodriguez-Padilla, C. (2018). Infection and coinfection by human papillomavirus, Epstein-Barr virus and Merkel cell polyomavirus in patients with squamous cell carcinoma of the larynx: a retrospective study. http://doi.org/10.7717/peerj.5834
  5. Salinas-Santander, M., Trevino, V., de la Rosa-Moreno, E., Verduzco-Garza, B., Sánchez-Domínguez, C. N., Cantú-Salinas, C., Ortiz-López, R. (2018). CAPN3, DCT, MLANA and TYRP1 are overexpressed in skin of vitiligo vulgaris Mexican patients. Experimental and Therapeutic Medicine. http://doi.org/10.3892/etm.2018.5764
  6. Sánchez‑García, A., Cabral‑Pacheco, G., Zomosa‑Signoret, V., Ortiz‑López, R., Camacho, A., Tabera‑Tarello, P., Vidal tamayo, R. (2017). Modular organization of a hypocretin gene minimal promoter. Molecular Medicine Reports, 17(2), 2263–2270. http://doi.org/10.3892/mmr.2017.8142

QCB. Patricia Villarreal Quiroga

 

TSU. Carlos Alberto Hernández Puente

 

QBP. Laura Rivera Narváez

 

MC. Ramsés Medina González

 

Daniel Matta Yee Chig

  • Licenciado en Biotecnología Genómica. Facultad de Ciencias Biológicas. UANL.
  • Maestro en Ciencias con Orientación en Morfología. Facultad de Medicina, UANL.

 

Bianka Dianey Camacho Zamora

  • Ingeniero en Biotecnología, Universidad Politécnica de Sinaloa.
  • Maestra en Ciencias con Orientación en Biología Molecular e Ingeniería Genética, Facultad de Medicina, UANL
  • “Estudio de la tolerancia a diferentes tipos de estrés en plantas de maíz conferida por los intermediarios de trealosa y ERF y su caracterización a través de la sobreexpresión en cloroplastos de tabaco.”
  • “Prevalencia y genotipos del papilomavirus humano, infección por virus de Epstein-Barr”
  • “Epidemiología Clínica y molecular de la infección perinatal por Estreptococo grupo B”
  • “Determinación de microbiomas en muestras provenientes del mar de Cortés”.
  •  “Identificación de variantes genéticas relacionadas al desarrollo de cáncer colorrectal”
  • “Expresión de caspasas y otros genes de apoptosis en pacientes masculinos con alopecia androgenética y su correlación con niveles de testosterona y DHT en sangre periférica”.
  • “Papel del factor de transcripción FOXC1 en la Transición Epitelial-Mesenquimal en cáncer de mama”.
  • “Identificación de posibles genes blanco de FOXC1 en líneas celulares de cáncer de mama”.
  • “Caracterización in vitro de perfiles proteicos de las líneas celulares MCF7 y MCF12A”
  • “Uso de la técnica 2D-PAGE para el análisis proteómico comparativo entre las líneas celulares de cáncer de mama BT474 y HCC1954”.
Servicios

La amplia colección de pruebas y plataformas de genética y proteómica que ofrece la Unidad de Genómica brinda a pacientes y médicos las soluciones para un diagnóstico de certeza, y a investigadores opciones para desarrollar sus proyectos con calidad en diseño experimental y análisis de datos.

 

 

  • Microarreglos
    • Genotipificación (SNP’s, CNV’s)
    • Expresión génica
    • MicroRNA’s
    • Metabolismo de drogas (DMET)

 

  • Secuenciación de nueva generación
    • Secuenciación de genomas pequeños
    • Transcriptoma
    • Metagenómica
    • Farmacogenómica
    • Paneles de genes asociados a cáncer
    • Paneles de genes personalizados

 

  • PCR punto final y tiempo real (qPCR)
    • Cuantificación absoluta
    • Cuantificación relativa
    • Discriminación alélica
    • Análisis de CNV’s

 

  • Diagnóstico Molecular
    • Detección de patógenos
    • Detección de mutaciones y variantes genéticas (SNP’s)

 

  • Cultivo celular
    • Mantenimiento y expansión de diversas líneas celulares
    • Ensayos de apoptosis, diferenciación, invasión, migración y adipogénesis
    • Ensayos de cultivo en 3D
    • Ensayos de nuevas moléculas en modelos in vitro (líneas celulares) e in vivo (modelo murino)
    • Ensayos de viabilidad y toxicidad en modelo de hipoxia y acidez

 

  • Proteómica
    • Extracción y cuantificación de proteínas
    • Electroforesis bidimensional
    • Western Blot
    • Identificación de proteínas por Espectrometría de masas
    • SDS-PAGE

  • Extracción de ácidos nucleicos
    • Extracción de DNA y RNA a partir de tejido embebido en parafina, sangre, carrillo bucal y biopsias conservadas.
    • Cuantificación de ácidos nucleicos por espectrofotometría, PicoGreen y RiboGreen (Fluorometría).
    • Análisis de la integridad de material genético por electroforesis capilar y en gel de agarosa.
  • Otros
    • Digestión enzimática para caracterización de plásmidos y RFLPs.
    • Purificación de Productos de PCR
Infraestructura
  • Microarreglos
    • Plataforma Affymetrix
    • Plataforma NimbleGen
  • Secuenciación
    • MiSeq illumina
  • PCR
    • GeneAmp 9700
    • Veriti 9902
    • Tetrad 2
    • MasterCycler
    • GeneAmp 2400
  • PCR tiempo real
    • Light Cycler 480 II
  • Proteómica
    • GelDoc XR
    • ChemiDoc XRS
    • Exquest /spot cutter
  • Cultivo Celular
    • Incubadora CO2
    • Cabina de Bioseguridad Clase II A2
    • Microscopio
    • Microscopio invertido
    • Microscopio de fluorescencia
    • Luminómetro de placas
    • Cámara de hipoxia
    • Tanque criogénico
  • Otros
    • Bioanalizador 2100
    • NanoDrop 8000
    • Espectrofotómetro Smart Plus

Termo-shaker orbital

Publicaciones
  1. Uscanga‑Perales, G., Santuario‑Facio, S., Sanchez‑Dominguez, C., Cardona‑Huerta, S., Muñoz‑Maldonado, G., Ruiz‑Flores, P., Ortiz‑Lopez, R. (2019). Genetic alterations of triple negative breast cancer (TNBC) in women from Northeastern Mexico. Oncology Letters, 17(3), 3581–3588. https://doi.org/10.3892/ol.2019.9984
  2. Villarreal‐Villarreal, C. D., Sinclair, R. D., Martínez‐Jacobo, L., Garza‐Rodríguez, V., Rodríguez‐León, S. A., Lamadrid‐Zertuche, A. C., Ocampo‐Candiani, J. (2019). Prostaglandins in androgenetic alopecia in 12 men and four female. Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology, 33(5), e214–e215. https://doi.org/10.1111/jdv.15479
  3. Delgado-Suárez, E. J., Selem-Mojica, N., Ortiz-López, R., Gebreyes, W. A., Allard, M. W., Barona-Gómez, F., & Rubio-Lozano, M. S. (2018). Whole genome sequencing reveals widespread distribution of typhoidal toxin genes and VirB/D4 plasmids in bovine-associated nontyphoidal Salmonella. Scientific Reports, 8(1), 9864. http://doi.org/10.1038/s41598-018-28169-4
  1. Calvo-Anguiano, G., Lugo-Trampe, J. J., Camacho, A., Said-Fernández, S., Mercado-Hernández, R., Zomosa-Signoret, V., Ortiz-López, R. (2018). Comparison of specific expression profile in two in vitro hypoxia models. Experimental and Therapeutic Medicine, 15(6), 4777–4784. http://doi.org/10.3892/etm.2018.6048
  2. Camacho, A., Segoviano-Ramírez, J. C., Sánchez-Garcia, A., de Jesus Herrera-de la Rosa, J., García-Juarez, J., Hernandez-Puente, C. A., Ortiz-Lopez, R. (2018). Tyrphostin AG17 inhibits adipocyte differentiation in vivo and in vitro. Lipids in Health and Disease, 17(1), 128. http://doi.org/10.1186/s12944-018-0784-7
  3. Martinez-Jacobo, L.,Ancer-Arellano, C. I., Ortiz-Lopez, R., Salinas-Santander, M., Villarreal-Villarreal, C. D., Ancer-Rodriguez, Camacho-Zamora,  B., Zomosa-Signoret V., Medina-De la Garza C.E., Ocampo-Candiani J,  Rojas-Martinez, A. (2018). Evaluation of the Expression of Genes Associated with Inflammation and Apoptosis in Androgenetic Alopecia by Targeted RNA-Seq. Skin Appendage Disorders, 4(4), 268–273. http://doi.org/10.1159/000484530
  4. Manuel Vazquez-Guillen, J., Palacios-Saucedo, G. C., Guadalupe Rivera-Morales, L., Valeria Alonzo-Morado, M., Berenice Burciaga-Bernal, S., Montufar-Martinez, M., Rodriguez-Padilla, C. (2018). Infection and coinfection by human papillomavirus, Epstein-Barr virus and Merkel cell polyomavirus in patients with squamous cell carcinoma of the larynx: a retrospective study. http://doi.org/10.7717/peerj.5834
  5. Salinas-Santander, M., Trevino, V., de la Rosa-Moreno, E., Verduzco-Garza, B., Sánchez-Domínguez, C. N., Cantú-Salinas, C., Ortiz-López, R. (2018). CAPN3, DCT, MLANA and TYRP1 are overexpressed in skin of vitiligo vulgaris Mexican patients. Experimental and Therapeutic Medicine. http://doi.org/10.3892/etm.2018.5764
  6. Sánchez‑García, A., Cabral‑Pacheco, G., Zomosa‑Signoret, V., Ortiz‑López, R., Camacho, A., Tabera‑Tarello, P., Vidal tamayo, R. (2017). Modular organization of a hypocretin gene minimal promoter. Molecular Medicine Reports, 17(2), 2263–2270. http://doi.org/10.3892/mmr.2017.8142
Personal

QCB. Patricia Villarreal Quiroga

 

TSU. Carlos Alberto Hernández Puente

 

QBP. Laura Rivera Narváez

 

MC. Ramsés Medina González

 

Daniel Matta Yee Chig

  • Licenciado en Biotecnología Genómica. Facultad de Ciencias Biológicas. UANL.
  • Maestro en Ciencias con Orientación en Morfología. Facultad de Medicina, UANL.

 

Bianka Dianey Camacho Zamora

  • Ingeniero en Biotecnología, Universidad Politécnica de Sinaloa.
  • Maestra en Ciencias con Orientación en Biología Molecular e Ingeniería Genética, Facultad de Medicina, UANL
Proyectos de Investigación
  • “Estudio de la tolerancia a diferentes tipos de estrés en plantas de maíz conferida por los intermediarios de trealosa y ERF y su caracterización a través de la sobreexpresión en cloroplastos de tabaco.”
  • “Prevalencia y genotipos del papilomavirus humano, infección por virus de Epstein-Barr”
  • “Epidemiología Clínica y molecular de la infección perinatal por Estreptococo grupo B”
  • “Determinación de microbiomas en muestras provenientes del mar de Cortés”.
  •  “Identificación de variantes genéticas relacionadas al desarrollo de cáncer colorrectal”
  • “Expresión de caspasas y otros genes de apoptosis en pacientes masculinos con alopecia androgenética y su correlación con niveles de testosterona y DHT en sangre periférica”.
  • “Papel del factor de transcripción FOXC1 en la Transición Epitelial-Mesenquimal en cáncer de mama”.
  • “Identificación de posibles genes blanco de FOXC1 en líneas celulares de cáncer de mama”.
  • “Caracterización in vitro de perfiles proteicos de las líneas celulares MCF7 y MCF12A”
  • “Uso de la técnica 2D-PAGE para el análisis proteómico comparativo entre las líneas celulares de cáncer de mama BT474 y HCC1954”.